Ειδικότερα, η Συνδιάσκεψη εστίασε σε μεγάλο βαθμό στην περίπτωση της Ελληνικής Τάφρου, το τόξο που εκτείνεται από το Ιόνιο Πέλαγος μέχρι και τη Ρόδο. Πρόκειται για μια από τις σημαντικότερες περιοχές για τους φυσητήρες και τους ζιφιούς στη Μεσόγειο, ενώ φιλοξενεί μόνιμα ακόμη τέσσερα είδη κητωδών που βρίσκονται υπό καθεστώς προστασίας (ρινοδέλφινα, σταχτοδέλφινα, ζωνοδέλφινα, κοινά δελφίνια) και έξι «περαστικά» είδη (πτεροφάλαινες, στενόρυγχα δελφίνια, μεγάπτερες φάλαινες, βόρειες ρυγχοφάλαινες, ψευδο όρκες και μεσοπλόδοντες). Ωστόσο, αυτός ο σημαντικός βιότοπος περιλαμβάνεται στη θαλάσσια περιοχή συνολικής έκτασης σχεδόν 60.000 τετραγωνικών χιλιομέτρων, που έχει ήδη παραχωρηθεί από τη χώρα μας σε πετρελαϊκές εταιρείες για έρευνα και εξόρυξη πετρελαίου. Σε αυτό το πλαίσιο, οι συμμετέχοντες στο συνέδριο απηύθυναν άμεση έκκληση για την προστασία της περιοχής από τις επιπτώσεις των εργασιών έρευνας και εξόρυξης, οι οποίες αποτελούν άμεσο κίνδυνο για την επιβίωση των απειλούμενων αυτών ειδών στην ευρύτερη περιοχή.
Σε άλλη συνεδρία, το WWF Ελλάς παρουσίασε την προσπάθεια που γίνεται τα τελευταία χρόνια για την προστασία της Γυάρου, στις παραλίες και τις σπηλιές της οποίας ζει και αναπαράγεται περίπου 12% του παγκόσμιου πληθυσμού της απειλούμενης μεσογειακής φώκιας, Monachus monachus. Οι σύνεδροι επισήμαναν την ανάγκη να προχωρήσει η ελληνική κυβέρνηση στην έκδοση του Προεδρικού Διατάγματος για την κήρυξη της Γυάρου ως θαλάσσιας προστατευόμενης περιοχής.
Παράλληλα, αναγνωρίστηκε η σημαντική πρωτοβουλία της ελληνικής πολιτείας να τριπλασιάσει το δίκτυο των περιοχών NATURA 2000 στον ελλαδικό θαλάσσιο και κυρίως παράκτιο χώρο, όμως τονίστηκε πως πρέπει να ενταθούν και να συστηματοποιηθούν οι προσπάθειες για την προστασία των θαλάσσιων θηλαστικών. Υπογραμμίστηκε ότι η ελληνική κυβέρνηση χρειάζεται να προχωρήσει στην άμεση έκδοση και εφαρμογή σχεδίων διαχείρισης για τις περιοχές αυτές, αλλά να αναλάβει και αντίστοιχες πρωτοβουλίες για τις υπεράκτιες περιοχές, όπου απαντώνται σημαντικοί πληθυσμοί θαλάσσιων θηλαστικών.
Εκτενώς συζητήθηκε και το θέμα της αλληλεπίδρασης μεταξύ ναυτιλίας και κητωδών, καθώς η Μεσόγειος είναι μία από τις θάλασσες με τη μεγαλύτερη κίνηση πλοίων παγκοσμίως - ανά πάσα στιγμή, τη διασχίζουν περίπου 2.000 εμπορικά πλοία, άνω των 100 τόνων. Η διέλευση και ο ήχος των μεγάλων πλοίων επηρεάζει όμως τους σημαντικούς πληθυσμούς των ειδών, και ειδικά των πτεροφαλαινών και φυσητήρων. Στην ειδική συνεδρία που πραγματοποιήθηκε συμμετείχαν, μεταξύ άλλων, και εκπρόσωποι της πολιτείας και του τομέα της ναυτιλίας. Οι σύνεδροι κατέληξαν από κοινού ότι είναι αναγκαίο να προχωρήσει άμεσα η διαδικασία διαβούλευσης των αρμόδιων υπουργείων με τους εμπλεκόμενους φορείς, για την κατάθεση επίσημης πρότασης προς τον Διεθνή Οργανισμό Ναυτιλίας. Στόχος είναι η διαμόρφωση και η εφαρμογή μέτρων μείωσης του κινδύνου συγκρούσεων μεταξύ μεγάλων πλοίων και φυσητήρων.
Ακόμη, στο συνέδριο αναδείχθηκε η ανάγκη διαβούλευσης εμπλεκόμενων υπουργείων και φορέων και για το θέμα της αλληλεπίδρασης μεταξύ παράκτιας αλιείας και θαλάσσιων θηλαστικών. Σε αυτή την περίπτωση, ο στόχος είναι η θέσπιση και εφαρμογή μέτρων που θα μειώσουν τις αρνητικές επιπτώσεις, μεταξύ των οποίων και η διαμόρφωση συστήματος οικονομικών ενισχύσεων προς τους παράκτιους αλιείς.
Επιπλέον, στο πλαίσιο της διαμόρφωσης του Θαλάσσιου Χωροταξικού Σχεδιασμού στη χώρα μας όπως σε όλες τις χώρες της Μεσογείου, οι σύνεδροι τόνισαν την ανάγκη να ληφθούν υπόψη και να ενσωματωθούν οι ανάγκες διατήρησης των θαλάσσιων θηλαστικών. Επίσης, συζητήθηκαν οι υπάρχουσες και οι αναγκαίες νέες πρωτοβουλίες για την προστασία σημαντικών πληθυσμών σε μεσογειακό επίπεδο, όπως στην ευρύτερη περιοχή του «Καταφυγίου του Πελάγους», αλλά και η ανάγκη για τον σχεδιασμό, τη θεσμοθέτηση και την εφαρμογή ενός λειτουργικού δικτύου θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών σε σημαντικές περιοχές, όπως ο Αρκτικός κύκλος.
Τέλος, μία συνεδρία, που συγκέντρωσε εξαιρετικά μεγάλο ενδιαφέρον, ήταν εκείνη για το πιο απειλούμενο θαλάσσιο θηλαστικό στον κόσμο, τη βακίτα. Η «μικρή αγελάδα» (σ.σ. όπως σημαίνει το όνομά της στα ισπανικά) ζει στον κόλπο της Καλιφόρνιας στο Μεξικό, ενώ ο πληθυσμός της υπολογίζεται μεταξύ 6 και 22 ατόμων. Η βακίτα αποτελεί το παράπλευρο θύμα της παράνομης αλιείας. Η επιστημονική κοινότητα σύσσωμη προέτρεψε τις κυβερνήσεις των Μεξικό, ΗΠΑ και Κίνας να πατάξουν το παράνομο εμπόριο άγριας πανίδας και να εντείνουν τις προσπάθειες επιτήρησης της προστατευόμενης περιοχής για τη βακίτα. Τα μαθήματα από την περίπτωση της βακίτα, όπου τα μέτρα προστασίας λήφθηκαν καθυστερημένα, πρέπει να αποτελέσουν παράδειγμα για άλλα είδη που κινδυνεύουν με εξαφάνιση σε άλλες περιοχές του πλανήτη και να επαγρυπνήσουν τις κυβερνήσεις να πάρουν τα κατάλληλα μέτρα εγκαίρως.