Σημείο εκκίνησης του κύριου αγώνα είναι ο Ναός της Ήρας που έχει ανακηρυχθεί από την UNESCO ως «Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς» και τερματισμός είναι η Πλατεία Πυθαγόρα στην πόλη της Σάμου μπροστά από το άγαλμα του «Λέοντος», ένα έργο του γλύπτη Ιωάννη Κουλούρη του 1930, αντίγραφο του Λέοντα της Χαιρώνειας το οποίο αφιερώθηκε στα 100 χρόνια από την επανάσταση κατά των Τούρκων κατακτητών. Οι αθλητικές δράσεις εμπλουτίζονται με τον Λαϊκό αγώνα δρόμου «ΕΥΡΥΜΕΝΗΣ Ο ΣΑΜΙΟΣ», μήκους 4 χιλιομέτρωνο οποίος ξεκινά από την Πλατεία Πυθαγόρα έως τον κόμβο Μαλαγαρίου, όπου στεγάζεται το Μουσείο της Ένωσης Οινοποιητικών Συνεταιρισμών Σάμου σε ένα κτίριο του 19ου αιώνα,στο οποίο εκτίθεται όλη η ιστορική και κοινωνικό-πολιτιστική διαδρομή του φημισμένου σαμιώτικου κρασιού. Με το σύνθημα «Αγωνιζόμαστε όλοι μαζί για μία κοινωνία χωρίς αποκλεισμούς» ο αγώνας Δρόμου Special Olympics 2025 «O HΡΑΚΛΕΙΤΟΣ», μήκους 600μ., θα αποτελέσει μια ιδιαίτερη στιγμή του αγωνιστικού προγράμματος.  Το πρόγραμμα θα ολοκληρωθεί με τον αγώνα των 1000μ. «Ο ΑΠΟΛΛΟΔΩΡΟΣ»,  από την Πλατεία Πυθαγόρα έως και το διατηρητέο κτίριο του Λιμεναρχείου της Σάμου. Η διαδρομή θα πραγματοποιηθεί κατά μήκος της παραλιακής οδού όπου δεσπόζουν νεοκλασικά διατηρητέα κτίρια και μνημεία, όπως η  Καθολική εκκλησία της πόλης, το δικαστικό μέγαρο, η παλιά αγορά και η  Βιβλιοθήκη Σάμου.

Η συνολική διαδρομή του Ημιμαραθωνίου «Πυθαγόρας ο Σάμιος» είναι μετρίου βαθμού δυσκολίας. Κύριο χαρακτηριστικό της διαδρομής είναι οι μεσαίου μεγέθους υψομετρικές διακυμάνσεις και η χάραξή της, η οποία διέρχεται από μια εξαιρετικής ομορφιάς και ιστορικής σημασίας κεντρική οδική αρτηρία του νησιού, από τον οικισμό  Ηραίον, το Ιστορικό Πυθαγόρειο έως και την πόλη της Σάμου.