Σύμφωνα με το υπουργείο, το 2020, το κύριο βάρος των προσπαθειών της ΕΥΔ ΕΠΑλΘ, λόγω πανδημίας, είχαν επικεντρωθεί στις περιπτώσεις όπου οι επιπτώσεις από τη λήψη μέτρων κατά της εξάπλωσης του COVID-19 επηρέασαν την πρόοδο της υλοποίησης των έργων και των δαπανών με αποτέλεσμα ο ετήσιος στόχος απορρόφησης του 2020 να φθάσει στο 71,77%, αφήνοντας υπόλοιπο 11.592.244 €, το οποίο βάσει των προβλέψεων των σχετικών Κανονισμών θα αποδεσμευόταν αυτόματα μειώνοντας αντίστοιχα την ενωσιακή συνεισφορά στο ΕΠΑλΘ 2014-2020.

Στις 18/05/2021 η Ευρωπαϊκή Επιτροπή με έγγραφό της ενημέρωσε το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων ότι συμφωνεί με την ανάλυση και κάνει αποδεκτή την τεκμηρίωση που απέστειλε η ΕΥΔ ΕΠΑλΘ και για το λόγο αυτό δεν προβαίνει σε αποδέσμευση ποσού 11.592.244 € (συνεισφοράς ΕΤΘΑ) που αφορούσε σε υπόλοιπο απορρόφησης του έτους 2020.